Service de cancérologie biologique

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SERVICE DE CANCÉROLOGIE BIOLOGIQUE

Chef de service : Pr Lucie KARAYAN-TAPON
Cadre de santé : Florence MARÉCHAL

Diagnostic et suivi

Le laboratoire de cancérologie biologique est le siège de la plateforme régionale de génétique moléculaire des cancers Poitou-Charentes, labellisée par la DHOS et l’Institut national du cancer (Inca). La mise en évidence de l’enjeu que constitue aujourd’hui la médecine personnalisé, a conduit l’Institut national du cancer en 2006, au constat que des plates-formes destinées à établir la carte d’identité des tumeurs doivent se développer au sein de tous les pôles régionaux de cancérologie. (Mesure 21 : garantir un accès égal aux traitements et aux innovations. Action 21.2 : développer les plateformes de génétique moléculaire des cancers et l’accès aux tests moléculaires). Notre plateforme a été labellisée dès 2006 et couvre un bassin de population de 1 745 123 habitants (recensement 2008).

La médecine personnalisée est la capacité, pour un patient donné, de réaliser un profil moléculaire (recherche de mutations, de translocations, de transcrits de fusion…) de sa tumeur afin de mettre en évidence le ou les anomalie(s) responsable(s) de l’activation d’une voie de signalisation essentielle pour la survie de la tumeur et de proposer une thérapeutique ciblant l’anomalie en question. Le choix thérapeutique sera donc fondé sur la mise en évidence de l’anomalie ou biomarqueur.

Le laboratoire est composée de deux unités médicales (UM) :

Unité médicale d’oncologie moléculaire (Pr L. Karayan-Tapon).

Unité médicale d’hématologie moléculaire (Dr J.-C. Chomel).

Ces deux UM assurent le diagnostic et le suivi moléculaire des tumeurs solides et hémopathies malignes pris en charge au CHU de Poitiers et dans la région Poitou-Charentes. Le but final, quelque soit le type de cancer (tumeurs solides ou hémopathies malignes), étant de pouvoir stratifier les patients dès le diagnostic afin que le traitement le plus approprié puisse être proposé, suivre l’efficacité du traitement au niveau moléculaire et prédire le plus précocement possible une rechute de la maladie.

Marqueurs prédictifs déterminant l’accès à une thérapie ciblée : mutations d’EGFR, mutations de RAS (KRAS, NRAS), mutations de BRAF, mutations de KIT/PDGFRa, mutations de PI3K, mutations d’HER2, amplification de HER2, translocations de ALK, translocations ROS1, détection des réarrangements BCR-ABL, PML-RARa, FIP1L1-PDGFRa, mutations BCR-ABL, mutation JAK2, insertions/délétion de CALR.

Marqueurs orientant le processus diagnostique : Instabilité des microsatellites, méthylation du promoteur de MLH1, pertes d’hétérozygotie 1p/19q, mutations IDH1/2, détection des réarrangements CBFB-MYH11, AML1-ETO,TEL-AML1, E2A-PBX, SIL-TAL, MLL, IgH-Bcl1 et IgH-Bcl2, mise en évidence de la répétition en tandem de FLT3, mutations de NPM1, expression de la cycline D1

Marqueurs de suivi : Méthylation de MGMT, quantification des ARNm BCR-ABL, PML-RARa, CBFB-MYH11, AML1-ETO, WT1, NPM1 mutés, TEL-AML1, E2A-PBX, SIL-TAL, allèles JAK2 V617F, MLL

Activité : environ 40 000 actes, 4,2M de B/BHN par an.

Technologies / méthodes utilisées au laboratoire

Les technologies suivantes ont été développées au laboratoire :

  • Extraction des acides nucléiques (ADN génomique et ARN totaux) à partir de différents prélèvements biologiques (sang, moelle osseuse, ganglions, tumeur, liquides pleuraux), de coupes en paraffine et de tissu congelé.
  • Contrôle et dosage des acides nucléiques.
  • Réverse transcription.
  • Recherche de réarrangements moléculaires (transcrits de fusion) par RT-PCR en point final et en temps réel.
  • Recherche de mutations ponctuelles connues par PCR RFLP, PCR allèle spécifique, PCR en temps réel allèle spécifique.
  • Recherche de mutations par DGGE.
  • Caractérisation de mutations par pyroséquençage.
  • Caractérisation de mutations par séquençage direct double brin.
  • Dosage des allèles mutés par PCR quantitative avec présence d’une gamme standard de plasmides.
  • Dosage des transcrits de fusion par RT-PCR quantitative avec présence d’une gamme standard de plasmides (évaluation de la maladie résiduelle).
  • FISH sur tissu inclus en paraffine pour la cytogénétique des tumeurs solides
  • Le séquençage à haut débit (miSeq/Illumina).

Projet Pédagogique

Un des enjeux de la cancérologie actuelle est l’importance de la connaissance de la biologie du cancer dans son exercice. La mise en place d’une médecine personnalisée en cancérologie nécessite d’une part une « vraie » connaissance des voies de la cancérogénèse d’une manière générale, mais nécessite aussi la connaissance de la biologie cancéreuse d’un organe donné avec la mise en exergue des gènes « driver » et les perturbations fonctionnelles qui découlent de cette addiction oncogénique. La prise ne charge des patients atteints de cancer se fait dans la pluridisciplinarité ; l’enseignement de la biologie du cancer nécessite cette approche pluridisciplinaire.

Il est important, dans le contexte actuel de l’évolution de la biologie du cancer, de former des professionnels ayant la compétence de Biologie en Cancérologie, plus particulièrement ceux qui auront en charge la validation biologique des examens de génétique somatique à visée sanitaires. Ces analyses sont actuellement réalisées sur les pièces d’exérèse ou échantillons de biopsie pour les tumeurs solides, ainsi que dans le sang, la moelle osseuse, les ganglions lymphatiques pour les hémopathies malignes. Dans les années prochaines ces tests moléculaires (diagnostique, pronostique, théranostique) évolueront et auront comme objet vraisemblablement les liquides biologiques (ADN/ARN circulant, cellules cancéreuses circulants..).

 

Participation à l’activité de groupes coopérateurs : Cancéropôle GO, INCa, ANOCEF

CNU de rattachement : Cancérologie –Radiothérapie 4702

chumag63_traitement-cancerVers un traitement ciblé du cancer.
CHU Magazine n°63 – décembre 2011