2e étage du bâtiment urgences et biologie médicale (UBM)
Site de la Milétrie du CHU de Poitiers
05 49 44 37 47
Chef de service :
Pr Christophe Burucoa
Cadres de santé :
Sylvie Querrioux et Natalie Charpentier
Le département des agents infectieux (DAI) mutualise les activités de trois disciplines de microbiologie :
- Bactériologie et hygiène
- Virologie
- Parasitologie et mycologie
Il est constitué de trois unités fonctionnelles techniques :
- La microbiologie conventionnelle
- La sérologie infectieuse
- La microbiologie moléculaire et séquençage
Virologie et mycobactériologie
2e étage du bâtiment urgences et biologie médicale (UBM)
Site de la Milétrie du CHU de Poitiers
05 49 44 37 47
Chef de service :
Pr Nicolas Léveque
Cadre de santé :
Natalie Charpentier
Les biologistes du laboratoire de virologie et mycobactériologie déterminent la stratégie (tests PCR, sérologies, cultures et antibiogrammes) à mettre en œuvre pour le diagnostic et le suivi des infections provoquées par les virus et les mycobactéries tuberculeuses et atypiques.
Ils ont ensuite la responsabilité de sa mise en œuvre, selon des normes strictes en matière de qualité définies par l’accréditation COFRAC, au sein des 3 plateaux techniques du département des agents infectieux, à travers l’encadrement et la validation médicales des examens réalisés par les techniciens de laboratoire.
La virologie-mycobactériologie est une des trois composantes du département des agents infectieux (DAI) avec la bactériologie-hygiène et la parasitologie-mycologie.
Le laboratoire de virologie et mycobactériologie réunit les biologistes médicaux spécialistes de ces deux disciplines.
L’équipe médicale comprend 5 praticiens, 2 hospitaliers et 3 hospitalo-universitaires :
- 1 PU-PH, le Pr Nicolas Lévêque, chef de service
- 1 MCU-PH, le Dr Magali Garcia, responsable de la mycobactériologie et des laboratoires de sécurité biologique de niveau 3
- 1 PH à 70%, le Dr Agnès Beby-Defaux, responsable de l’UF de microbiologie moléculaire et séquençage
- 1 PH 100%, le Dr Céline Chessa, responsable assurance qualité des UF de sérologie infectieuse et de microbiologie moléculaire et séquençage
- 1 AHU, le Dr Luc Deroche, en charge du développement des applications du séquençage de nouvelle génération à la virologie médicale.
Le laboratoire de virologie et mycobactériologie du CHU de Poitiers est un service de recours pour les centres hospitaliers de l’ancienne région Poitou-Charentes.
Il est, à ce titre, destinataire de leurs examens de virologie et mycobactériologie spécialisées, et prend en charge la qualification virologique des dons d’organes 7j/7 et 24h/24.
Il est doté de deux laboratoires de sécurité biologique de niveau 3 (un pour la virologie, un pour la mycobactériologie) lui permettant la manipulation des virus émergents et des mycobactéries multirésistantes.
Il est en cours d’autorisation micro-organisme et toxine (MOT) pour la manipulation du virus Monkeypox.
La recherche du laboratoire est consacrée à l’étude des interactions entre les virus et la peau qui constitue la porte d’entrée et/ou la cible d’un grand nombre d’infections virales.
Il s’agit :
- d’identifier les cellules du derme et de l’épiderme dans lesquels les arbovirus West Nile et Usutu, transmis par la piqûre de moustique, et le virus Monkeypox sont capables de se multiplier
- de caractériser la réponse inflammatoire qu’ils induisent
- de déterminer l’influence de l’hypoxie qui règne dans la peau sur l’infection
- d’évaluer l’activité antivirale de composés issus de la glycolyse anaérobie ainsi générés.
Cette recherche fondamentale est conduite au sein du LITEC UR15560 de l’université de Poitiers. Elle est complémentaire des nombreux projets de recherche clinique dans lesquels le laboratoire est impliqué portant, notamment, sur le diagnostic et l’épidémiologie des infections respiratoires et sexuellement transmissibles.
Au cours de la crise sanitaire provoquée par l’émergence du SARS-CoV-2, le laboratoire s’est équipé de séquenceurs de nouvelle génération dits à haut débit (minION Oxford Nanopore Technologies ou NEXTSEQ2000 Illumina) grâce des financements de la région Nouvelle-Aquitaine et de l’Europe.
Ces matériels innovants sont destinés à assurer la surveillance épidémiologique des virus respiratoires (virus respiratoire syncytial dans le contexte de la distribution du Beyfortus®, variants du SARS-CoV-2…) et le génotypage de résistance du VIH.
Microbiologie moléculaire et séquençage (MMS)
2e étage du bâtiment urgences et biologie médicale (UBM)
Site de la Milétrie du CHU de Poitiers
05 49 44 37 47
Responsable de secteur
Dr Agnès Beby Defaux
Cadre de santé :
Natalie Charpentier
Le laboratoire MMS est un plateau technique mutualisé entre les services de virologie, parasitologie – mycologie et bactériologie sur lequel sont effectuées les analyses de microbiologie moléculaire servant au diagnostic ainsi qu’au suivi thérapeutique et épidémiologique des infections virales,bactériennes, fongiques et parasitaires . Il est ouvert du lundi au vendredi de 8h15 à 18h et le samedi matin de 8h15 à 11h45.
Les techniciens du laboratoire sont en charge de la réalisation et de la validation technique d’analyses de biologie moléculaire (extraction d’ADN et d’ARN ; PCR en temps réel qui permet de détecter et quantifier les ARN ou ADN viraux, bactériens, parasitaires ou fongiques à partir des prélèvements des patients ; séquençage de Sanger ou de nouvelle génération –NGS-). Ils contribuent également à la réalisation de tâches transversales : gestion du matériel et de la métrologie, gestion documentaire, informatique, commandes, démarche qualité (validation de méthode, suivi d’indicateurs), …
Une formation continue théorique et technique est régulièrement proposée aux techniciens au sein même du laboratoire.
Le laboratoire accueille également régulièrement des techniciens en formation.
L’ensemble des biologistes du département des agents infectieux des services de virologie, parasitologie-mycologie et bactériologie contribuent à la validation des analyses du secteur selon leurs spécialités respectives.
Une équipe 9 techniciens travaille au sein de ce laboratoire.
- Agrément pour le diagnostic anténatal en virologie et parasitologie
- Agrément pour le diagnostic des infections à coronavirus : SARS-CoV, MERS-CoV
- Agrément pour le diagnostic des virus de la grippe émergents
Sérologie infectieuse
2e étage du bâtiment urgences et biologie médicale (UBM)
Site de la Milétrie du CHU de Poitiers
05 49 44 37 47
Responsable de secteur
Dr Emilie Deffois
Cadre de santé :
Natalie Charpentier
Le laboratoire de sérologie infectieuse est un plateau technique mutualisé entre les services de virologie, parasitologie – mycologie et bactériologie sur lequel sont effectuées les analyses servant au diagnostic ainsi qu’au suivi thérapeutique et épidémiologique des infections bactériennes, fongiques, parasitaires et virales. Il est ouvert du lundi au vendredi de 8h15 à 18h.
Les techniciens du laboratoire sont en charge de la réalisation et de la validation technique d’analyses sérologiques manuelles et automatisées variées. Ils contribuent également à la réalisation de tâches transversales : gestion du matériel et de la métrologie, gestion documentaire, informatique, commandes, démarche qualité (validation de méthode, suivi d’indicateurs), …
Une formation continue théorique et technique est régulièrement proposée aux techniciens au sein même du laboratoire.
Le laboratoire accueille également régulièrement des techniciens en formation.
L’ensemble des biologistes du département des agents infectieux des services de virologie, parasitologie-mycologie et bactériologie contribuent à la validation des analyses du secteur selon leurs spécialités respectives.
Une équipe 4 techniciens travaillent au sein de ce laboratoire.
- Agrément pour le diagnostic anténatal en virologie et parasitologie
- Agrément pour le diagnostic des infections à coronavirus : SARS-CoV, MERS-CoV
- Agrément pour le diagnostic des virus de la grippe émergents