Au d\u00e9but de l\u2019ann\u00e9e 2021, les pouvoirs publics ont mobilis\u00e9 les laboratoires hospitaliers afin de surveiller l\u2019\u00e9mergence et la circulation des variants du SARS-CoV-2. Le laboratoire de virologie du CHU de Poitiers s\u2019est donc adapt\u00e9 pour un suivi \u00e9pid\u00e9miologique plus pr\u00e9cis en adoptant des techniques d\u2019identifications reposant sur le s\u00e9quen\u00e7age de tout ou partie du g\u00e9nome du SARS-CoV-2.<\/p>\n
Dans un premier temps, il s\u2019agissait d\u2019appliquer au SARS-CoV-2 une m\u00e9thode utilis\u00e9e en virologie pour le g\u00e9notypage des souches de VIH \u00e0 la recherche de r\u00e9sistance aux traitements, la m\u00e9thode dite de Sanger. Cette technique recherche, \u00e0 des endroits pr\u00e9cis du g\u00e9nome du virus, les mutations caract\u00e9ristiques des diff\u00e9rents variants qui sont principalement comprises dans le g\u00e8ne codant la prot\u00e9ine S pr\u00e9sente \u00e0 la surface du virus et cible principale de la r\u00e9ponse immunitaire. C\u2019est par ce biais que les premiers cas de variant sud-africain ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9s d\u00e9but f\u00e9vrier dans le d\u00e9partement de la Vienne. Mais cette m\u00e9thode de s\u00e9quen\u00e7age a ses limites puisqu\u2019elle ne permet de s\u00e9quencer qu\u2019une toute petite partie du g\u00e9nome du virus. Pour une surveillance \u00e9pid\u00e9miologique plus efficace, il est essentiel d\u2019\u00e9tudier le g\u00e9nome dans sa globalit\u00e9.<\/p>\n
D\u00e8s f\u00e9vrier 2021, le laboratoire de virologie s\u2019est tourn\u00e9 vers le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit, d\u00e9j\u00e0 pratiqu\u00e9 par le Dr Maxime Pichon pour l\u2019analyse du microbiote, capable d\u2019analyser le g\u00e9nome viral dans sa globalit\u00e9. \u00ab S\u00e9quencer la totalit\u00e9 du g\u00e9nome du virus permet de mettre en \u00e9vidence l\u2019apparition de nouvelles mutations encore non d\u00e9crites et puis, le cas \u00e9ch\u00e9ant, de nouveaux variants\u00a0<\/em>\u00bb, explique le Pr Nicolas L\u00e9v\u00eaque, responsable du laboratoire de virologie du CHU de Poitiers. Appel\u00e9 MinION, le dispositif est d\u00e9velopp\u00e9 par Oxford Nanopore Technologies.<\/p>\n Son principe est bas\u00e9 sur la mesure des variations d\u2019un courant \u00e9lectrique lors du passage du g\u00e9nome viral dans un pore de quelques nanom\u00e8tres (10-9<\/sup> m\u00e8tre). Ces variations enregistr\u00e9es par le MinION sont caract\u00e9ristiques de chacune des bases nucl\u00e9otidiques A, T, C et G, constitutives du g\u00e9nome de tout \u00eatre vivant, permettant au MinION d\u2019en reconstituer la s\u00e9quence. Le MinION, qui se branche directement sur un ordinateur, offre plusieurs avantages : sa taille, son poids, sa maniabilit\u00e9 et son prix tr\u00e8s bas pour un s\u00e9quenceur car d\u2019environ 4 500 euros.<\/p>\n La proc\u00e9dure de s\u00e9quen\u00e7age du g\u00e9nome complet reste n\u00e9anmoins longue. Il faut ainsi compter deux jours de pr\u00e9parations des \u00e9chantillons, un jour de s\u00e9quen\u00e7age puis un \u00e0 deux jours d\u2019analyse bio-informatique des donn\u00e9es soit une petite semaine pour obtenir une cartographie g\u00e9n\u00e9tique compl\u00e8te d\u2019une souche de SARS-CoV-2. De plus, la capacit\u00e9 du s\u00e9quenceur est de 96 \u00e9chantillons par exp\u00e9rimentation. Le temps n\u00e9cessaire au s\u00e9quen\u00e7age et une capacit\u00e9 limit\u00e9e ont donc oblig\u00e9 le laboratoire \u00e0 restreindre les indications du s\u00e9quen\u00e7age aux cas d\u2019infection survenant chez des personnes vaccin\u00e9es, r\u00e9infect\u00e9es, immunod\u00e9prim\u00e9es, de retour de voyage hors UE, et trait\u00e9es par anticorps monoclonaux. Le Pr L\u00e9v\u00eaque souligne en effet que : \u00ab L\u2019activit\u00e9 est tellement fluctuante. Il y a encore quelques semaines nous n\u2019avions rien \u00e0 s\u00e9quencer et l\u00e0 nous sommes d\u00e9bord\u00e9s. MinION offre une plus grande souplesse dans le volume \u00e0 traiter. Lorsque la demande est sup\u00e9rieure \u00e0 nos capacit\u00e9s, certains pr\u00e9l\u00e8vements sont envoy\u00e9s pour analyse <\/em>au centre national de r\u00e9f\u00e9rence pour les virus respiratoires bas\u00e9 \u00e0 Lyon. Avec l\u2019aide de la r\u00e9gion Poitou-Charentes et du CHU Poitiers, nous allons compl\u00e9ter notre mat\u00e9riel de s\u00e9quen\u00e7age haut d\u00e9bit en achetant un deuxi\u00e8me MinION. Avec deux s\u00e9quenceurs et deux personnes d\u00e9di\u00e9es \u00e0 cette activit\u00e9, Manon Prat et Jean-Philippe Da Mota, nous aurons alors une capacit\u00e9 de s\u00e9quen\u00e7age qui sera tr\u00e8s cons\u00e9quente\u00bb.<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":" Il est plus petit qu\u2019un t\u00e9l\u00e9phone portable et pourtant le dernier s\u00e9quenceur haut d\u00e9bit acquis par le laboratoire de virologie du CHU de Poitiers,\u2026","protected":false},"author":12,"featured_media":33719,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_acf_changed":false,"footnotes":""},"categories":[96],"tags":[],"class_list":["post-33717","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-non-classifiee"],"acf":[],"yoast_head":"\n