{"id":15900,"date":"2018-01-10T12:31:39","date_gmt":"2018-01-10T11:31:39","guid":{"rendered":"https:\/\/www.chu-poitiers.fr\/?p=15900"},"modified":"2021-04-20T18:06:09","modified_gmt":"2021-04-20T16:06:09","slug":"biologie-la-plateforme-de-sequencage-a-haut-debit-est-arrivee","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.chu-poitiers.fr\/en\/biologie-la-plateforme-de-sequencage-a-haut-debit-est-arrivee\/","title":{"rendered":"Biologie : la plateforme de s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit est arriv\u00e9e"},"content":{"rendered":"<p>Le professeur Christophe Burucoa, chef du<a href=\"https:\/\/www.chu-poitiers.fr\/specialites\/biologie-medicale\/#8\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\"> service de bact\u00e9riologie et hygi\u00e8ne<\/a>, ne cache pas son excitation alors que la &#8220;petite bo\u00eete&#8221; vient d\u2019\u00eatre livr\u00e9e une semaine plus t\u00f4t dans son service. Gu\u00e8re plus volumineux qu\u2019une imprimante, l\u2019appareil n\u2019est pas impressionnant \u00e0 premi\u00e8re vue. Il renferme pourtant un syst\u00e8me d\u2019analyse tr\u00e8s complexe dont il faut stocker, traiter, analyser les donn\u00e9es \u00e0 l\u2019aide d\u2019un r\u00e9seau informatique tr\u00e8s puissant, dot\u00e9 de millions de gigas. Aux commandes, des ing\u00e9nieurs bio-informaticiens hautement sp\u00e9cialis\u00e9s, capables de faire fonctionner ces logiciels &#8220;bout \u00e0 bout&#8221; qu\u2019on appelle des &#8220;pipelines &#8220;, dont ils extraient des r\u00e9sultats qui seront ensuite utilis\u00e9s par les biologistes. &#8220;On est loin du Human Genome Project lanc\u00e9 en 1990 qui a dur\u00e9 pr\u00e8s de quinze ans avec l\u2019aide d\u2019une centaine d\u2019\u00e9quipes et de s\u00e9quenceurs dans le monde\u00a0! Avec l\u2019appareil pr\u00e9c\u00e9dent, il nous fallait une semaine pour s\u00e9quencer 180 g\u00e8nes. Avec un s\u00e9quenceur comme celui-l\u00e0, on s\u00e9quence les 23 000 g\u00e8nes humains en trois jours&#8221;, se r\u00e9jouit le Pr\u00a0Burucoa.<\/p>\n<p>Il s\u2019agit de l\u2019aboutissement d\u2019un projet men\u00e9 depuis plusieurs ann\u00e9es par le CHU et coordonn\u00e9 par le Pr Burucoa. Un budget d&#8217;un million d&#8217;euros a pu \u00eatre d\u00e9gag\u00e9, dont pr\u00e8s de la moiti\u00e9 concerne l\u2019informatique, le reste provenant de cr\u00e9dits innovation du CHU et de la participation de l\u2019association locale Sport et collection qui finance la recherche contre le cancer.<\/p>\n<p><strong>Des progr\u00e8s r\u00e9volutionnaires pour d\u00e9pister la trisomie 21<\/strong><br \/>\n Une fois les \u00e9quipes form\u00e9es, les applications seront imm\u00e9diates. En g\u00e9n\u00e9tique par exemple, il sera possible de rechercher la trisomie\u00a021 sur un foetus \u00e0 partir d\u2019un simple pr\u00e9l\u00e8vement de sang au pli du coude de la m\u00e8re. &#8220;Avec la s\u00e9quence de l\u2019ADN de la maman, on parvient \u00e0 identifier la s\u00e9quence du foetus et voir si il y a une trisomie, sans devoir pratiquer une amniocent\u00e8se qui a l\u2019inconv\u00e9nient de pr\u00e9senter 2% de risques d\u2019avortement. C\u2019est un progr\u00e8s extraordinaire\u00a0!&#8221; Le nombre possible de d\u00e9pistages annuels pourrait se chiffrer \u00e0 4\u00a0000\u00a0selon les pr\u00e9visions actuelles de l\u2019h\u00f4pital, \u00e0 ajuster toutefois en fonction d\u2019une l\u00e9gislation possible posant d\u2019\u00e9ventuelles conditions \u2013 \u00e2ge, dosage sanguin\u2026 \u2013 pour b\u00e9n\u00e9ficier d\u2019une telle avanc\u00e9e. Autres applications utiles, les cas de maladies g\u00e9n\u00e9tiques qu\u2019on parvient difficilement \u00e0 expliquer : &#8220;Dans le cas d\u2019un enfant qui pr\u00e9sente une anomalie que l\u2019on retrouve chez d\u2019autres membres de la famille, l\u2019analyse de l\u2019ensemble de cette famille permettra de rechercher quel g\u00e8ne peut \u00eatre touch\u00e9, quelle mutation s\u2019est produite, et ainsi d\u2019essayer d\u2019\u00e9viter que de futurs enfants de la famille ne contractent cette m\u00eame maladie&#8221;, poursuit le Pr Burucoa.<br \/>\n Pour les canc\u00e9rologues du CHU de Poitiers, il s\u2019agit d\u2019une avanc\u00e9e importante en mati\u00e8re de th\u00e9ranostique (association du diagnostic et de la th\u00e9rapie) puisqu\u2019il sera d\u00e9sormais possible de s\u00e9quencer non plus 300\u00a0g\u00e8nes comme actuellement mais l\u2019ensemble des 23\u00a0000\u00a0g\u00e8nes du g\u00e9nome humain, pour \u00e9tudier le comportement d\u2019une tumeur et choisir la chimioth\u00e9rapie la mieux adapt\u00e9e \u00e0 chaque malade.<\/p>\n<p><strong>L\u2019espoir par l\u2019\u00e9tude du microbiote<\/strong><br \/>\n En microbiologie cette fois, le s\u00e9quenceur servira \u00e0 analyser le microbiote intestinal, cet ensemble de bact\u00e9ries qui agissent sur notre sant\u00e9, comme l\u2019a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 au grand public la gastroent\u00e9rologue Giulia Enders dans son best-seller<sup>1<\/sup>. Les progr\u00e8s actuels montrent que certaines pathologies non ou peu expliqu\u00e9es sont dues \u00e0 des d\u00e9s\u00e9quilibres de ces bact\u00e9ries qui peuplent notre intestin. &#8220;De nombreuses pathologies seraient li\u00e9es au microbiote, on parle de l\u2019autisme, de la schizophr\u00e9nie, de l\u2019ob\u00e9sit\u00e9, du diab\u00e8te. La seule fa\u00e7on d\u2019\u00e9tudier s\u00e9rieusement ces milliards de bact\u00e9ries, c\u2019est de s\u00e9quencer l\u2019ensemble des g\u00e8nes et de d\u00e9terminer quelles sont les proportions des diff\u00e9rentes bact\u00e9ries que renferme l\u2019intestin&#8221;, explique le Pr\u00a0Burucoa. On peut notamment avoir recours \u00e0 des transplantations de selles dans le tube digestif (appel\u00e9es TMF, transplantations de microbiote f\u00e9cal). &#8220;Des personnes dont le microbiote a \u00e9t\u00e9 d\u00e9truit par les antibiotiques peuvent \u00eatre gu\u00e9ries en deux jours apr\u00e8s une transplantation de selles. Dans le cas de l\u2019ob\u00e9sit\u00e9, on constate par exemple qu\u2019en transplantant des selles d\u2019une souris ob\u00e8se dans une souris maigre, cette derni\u00e8re devient ob\u00e8se. Les \u00e9tudes vont actuellement tr\u00e8s vite dans ce domaine, les r\u00e9sultats devraient arriver au premier trimestre 2018.&#8221;<\/p>\n<p>L\u2019h\u00f4pital de Poitiers a fait le choix d\u2019un investissement d\u2019envergure pour devenir l\u2019une des premi\u00e8res plateformes de routine sur le s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit, mais la plateforme est \u00e9galement ouverte aux \u00e9quipes locales de recherche qui se montrent tr\u00e8s int\u00e9ress\u00e9es. Le Pr\u00a0Burucoa monte actuellement un projet de financement avec l\u2019IRTOMIT<sup>2<\/sup>, unit\u00e9 mixte de recherche Inserm\/Universit\u00e9 de Poitiers situ\u00e9e sur le site du CHU, sur le sujet de la greffe et du rejet de la greffe. &#8220;Il s\u2019agit de savoir si le microbiote de sujets qui ont un rejet de greffe est diff\u00e9rent de celui des gens qui n\u2019ont pas de rejet, et ainsi d\u00e9terminer si, et en quoi, le microbiote joue un r\u00f4le sur l\u2019immunit\u00e9.&#8221;<\/p>\n<p>Si l\u2019ouverture \u00e0 la routine du s\u00e9quenceur \u00e0 haut d\u00e9bit constitue un r\u00e9el avantage pour le patient, il est important de prendre en compte la dimension \u00e9thique, dans le cas o\u00f9 l\u2019\u00e9tude g\u00e9n\u00e9tique r\u00e9v\u00e8le des informations non recherch\u00e9es. Chacun se souvient de l\u2019exemple de l\u2019actrice Angelina Jolie chez qui on a d\u00e9tect\u00e9 et r\u00e9v\u00e9l\u00e9 un risque de cancer \u00e0 venir, provoquant sa d\u00e9cision d\u2019une ablation des seins et des ovaires. &#8220;Dans pareil cas, il faut agir avec pr\u00e9caution car c\u2019est loin d\u2019\u00eatre sans cons\u00e9quence. Le patrimoine g\u00e9n\u00e9tique des gens, c\u2019est personnel&#8221;, conclut le Pr Burucoa.<\/p>\n<p><sup>1<\/sup> Le Charme discret de l\u2019intestin : tout sur un organe mal aim\u00e9, \u00e9d. Actes Sud<br \/>\n <sup>2<\/sup> Isch\u00e9mie reperfusion en transplantation d\u2019organes m\u00e9canismes et innovations th\u00e9rapeutiques<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p> Le CHU de Poitiers s\u2019est dot\u00e9 cet automne d\u2019une plateforme de s\u00e9quen\u00e7age \u00e0 haut d\u00e9bit. 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